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El iPod puede reproducir archivos MP3, WAV, AAC/M4A, AIFF y Apple Lossless. El iPod de 5ª generación también es capaz de reproducir archivos de video en formatos H.264 y MPEG-4.

Apple diseñó el iPod para funcionar principalmente en combinación con su programa iTunes. Con iTunes, se puede automáticamente sincronizar la música de la biblioteca del usuario con la del iPod cada vez que se conecta al ordenador. Las canciones, fotos y listas de reproducción nuevas se copian automáticamente al iPod y las canciones borradas son eliminadas también del iPod. Esto funciona también en sentido inverso, si se valora una canción en el iPod, la calificación se copiará a la biblioteca de iTunes. Además si se escuchan audiolibros, la posición de éstos también se sincronizará automáticamente. iTunes da la opción de sincronización manual además de función de sincronización automática. El iPod de 5° Generación, El Ipod Classic y la última generación de reproductores iPod (excepto el Shuffle) posee la capacidad de descargar juegos de diversa temática desde el iTunes Store.